La Orden Franciscana Seglar está integrada, en todo el mundo, por fraternidades. Una fraternidad está compuesta por al menos 5 hermanos. Son las diferentes fraternidades existentes en toda Colombia las que van dando existencia a las fraternidades regionales y a la fraternidad nacional.
Así dice el capítulo III de la Regla a propósito de las Fraternidades:
La Orden Franciscana Seglar se divide en Fraternidades, de diversos niveles o grados: local, regional, nacional e internacional. Cada una de estas Fraternidades tiene su propia personalidad moral en la Iglesia. Las Fraternidades se coordinan y unen entre sí, de acuerdo con lo que se establece en esta Regla y en las Constituciones.
En los diferentes niveles, cada Fraternidad es animada y guiada por un Consejo y un Ministro (o Presidente), elegidos por los profesos, en conformidad con las Constituciones.
Su servicio, que dura un tiempo limitado, es un compromiso de disponibilidad y de responsabilidad para con cada uno y para con el grupo.
Las Fraternidades, según lo establecido en las Constituciones, se estructuran internamente de manera diversa, conforme a las necesidades de sus miembros y de las regiones, bajo la dirección del Consejo respectivo.
La Fraternidad local necesita ser canónicamente erigida, y se convierte así en la primera célula de toda la Orden y en signo visible de la Iglesia, que es una comunidad de amor. La Fraternidad deberá ser el lugar privilegiado para desarrollar el sentido eclesial y la vocación franciscana, y, además, para animar la vida apostólica de sus miembros
Las peticiones de admisión en la Orden Franciscana Seglar se presentan a una Fraternidad local, cuyo Consejo decide sobre la aceptación de los nuevos hermanos.
El proceso de incorporación a la Fraternidad comprende el tiempo de iniciación, el período de formación, que dura, por lo menos, un año, y la Profesión de la Regla. En este itinerario gradual está comprometida toda la Fraternidad, aun con su estilo de vida. Por lo que se refiere a la edad para la Profesión, y a los signos distintivos franciscanos, procédase según los Estatutos.